Yeni Çalışma, Yerdeki Hastalık Verilerini Kullanarak Ortaya Çıkan Hastalıkları Tespit Ediyor
Bir Domuz Sağlığı Bilgi Merkezi (SHIC) tarafından finanse edilen çalışmada, endemik patojenler için negatif test sonuçlarındaki artışların, yeni hastalıklar için erken uyarı sinyali olarak kullanılıp kullanılamayacağı araştırıldı. Iowa Eyalet Üniversitesi’nden bir ekip, altı veteriner teşhis laboratuvarından bilim insanlarıyla birlikte, endemik bağırsak koronavirüs PCR-negatif test sonuçlarını kullanarak yeni bağırsak koronavirüslerinin ortaya çıkışını tahmin etmek için farklı izleme modellerini değerlendirdi. Araştırmacılar, benzer klinik belirtiler gösteren yeni bir hayvan sağlık tehdidini tespit etmenin alternatif bir yolu olarak, 2013 PEDV salgını için TGEV negatif merkezli izleme sisteminin iyi işlediğini belirledi. Çalışmanın sonuçları, yeni hastalık alarmının, Amerika Birleşik Devletleri’ndeki PEDV’nin ilk resmi teşhisinden dört hafta önce tespit edilebileceğini gösterdi.
Beklenmeyen negatif test sonuçlarındaki artışlar, veterinere ve üreticilere yeni bir domuz hastalığı hakkında uyarıda bulunmak için bir uyarı sistemi olarak hizmet edebilir. Laboratuvar başvurularının rutin izlenmesi, patojen aktivitelerindeki değişimleri, mevsimselliği ortaya koyabilir ve patojen ortaya çıkışına dair kanıt sağlayabilir. Patojen izleme ve gözetim sistemleri, veteriner hekimlikte rutin önlemler olup, popülasyonlardaki etkili hastalık kontrolü ve önlemesi için araçlar olarak tanınmaktadır. Bu sistemlerin temel amacı, yeni ve yeniden ortaya çıkan patojenlerin zamanında ve doğru bir şekilde tanımlanmasıdır. İzleme sistemleri arasında genel pasif gözetim, rutin laboratuvar başvuruları, hayvan hareketi denetimleri, canlı hayvan pazarları ve diğer ikincil veri kaynakları yer almaktadır.
Bu SHIC-finansmanlı çalışmada, Amerika Birleşik Devletleri’nde enterik koronavirüs PCR testlerinden elde edilen negatif sonuçlar kullanılarak bir izleme sistemi önerildi. Ana hedef, yeni bir patojenin ortaya çıktığını gösteren sürekli bir negatif başvuru artışı için erken tanımlamaktı. Çalışmada kullanılan veriler, altı katılımcı ABD veteriner teşhis laboratuvarından anonimleştirilmiş teşhis test sonuçlarını toplayan Sürekçi Hastalık Raporlama Sistemi’nden alındı.
2010-2013 yılları arasındaki TGEV PCR-negatif test sonuçları, 2013 PEDV ortaya çıkışı sırasında enterik koronavirüsler için negatif sonuçlar temelli bir izleme sistemi kullanılarak değerlendirildi. 2009-2014 yılları arasında TGEV ve PEDV PCR-negatif sonuçları, 2014 yılında PDCoV ortaya çıkışını izlemek için kullanıldı. Aynı yöntem 2023 yılında enterik koronavirüs negatif sonuçlarını izlemek için de uygulandı. Çalışmanın gözlem birimi, SDRS veritabanı ile paylaşılan porcine teşhis başvurularıydı; bu başvurular 2009 Ocak ile 2023 Ekim arasında arandı. Negatif ve pozitif PCR başvurularının toplam sayısı, VDL’de alınan tarih kullanılarak haftalık olarak hesaplandı ve bu işlem, TGEV, PEDV ve PDCoV PCR-negatif ve pozitif sonuçları için tekrarlandı.
Sezonluk Otoregresif Entegre Hareketli Ortalama (SARIMA) algoritmaları, negatif başvuruların zaman serisini düzeltmek için kullanıldı. Düzeltme sürecinin amacı, anomali oluşturan ve gerçek bir ortaya çıkan hastalığı yansıtmayan hataları, ani değişiklikleri ve mevsimselliği kontrol etmekti. SARIMA’nın ayarlanmış ve kalıntı değerleri, dört anomali tespit algoritmasına (EARS, CUSUM, EWMA ve Farrington Flexible) tabi tutuldu. Bu algoritmalar, negatif başvuruların izlenmesi sırasında sürekli artış ve azalmaları tespit etmek için kullanılabilecek istatistiksel kontrol grafikleridir.
Çalışmada, en iyi performans gösteren üç algoritma (CUSUM, EWMA, Farrington flexible), Amerika Birleşik Devletleri’ndeki PEDV ilk hastalığı teşhisinden dört hafta önce alarm verdi. Bu alarmlar, epidemiyolojik araştırmaların 15 Nisan 2013 tarihinde ilk PCR-onaylı PEDV enfeksiyonunu rapor etmesine rağmen, virüsün muhtemelen birkaç hafta önce ABD’de dolaşmakta olduğunu göz önünde bulundurulduğunda, PEDV ortaya çıkışı için gerçek erken alarm olarak değerlendirildi. Bu sonuçlar, negatif izleme kullanılarak, PEDV’nin 2013’teki ortaya çıkışı ile örtüşen TGEV negatif başvuru artışının sürdüğünü doğru bir şekilde tanımladığını gösterdi. PDCoV’un ortaya çıkışı, PEDV’ninkinden daha düşük olsa da, TGEV ve PEDV PCR-negatif test sonuçlarındaki artışlar nedeniyle alarmlar tespit edildi. 2023 yılına ait negatif PCR enterik verileri için izleme sistemi alarmlar göstermedi.
Hayvan sağlığı parametrelerinin sürekli izlenmesi ve laboratuvar başvurularının rutin izlenmesi, eğilimleri ortaya koymada ve erken uyarılar sağlamada değerli bir katkı sunmaktadır. Yenilikçi patojen ortaya çıkışının erken tespiti, spesifik patojenin hemen tanımlanmaması durumunda bile, paydaşlara proaktif yanıtlar, biyokapsama, kaynak tahsisi, tanı ve farkındalık fırsatları sağlayacaktır.
KAYNAK
Selenay Yaman, Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Zootekni bölümünü bitirdi ve hayvan ıslahı üzerine yoğunlaştı. Mezuniyetinden sonra Adana’da çeşitli çiftliklerde çalışarak, hayvancılık verimliliğini artırmaya yönelik projeler yürüttü. Selenay, gelecekte hayvan genetiği alanında doktora yaparak sektörde yenilikçi çözümler sunmayı amaçlıyor.